Die Kirchgemeinden unterstehen einer zweiteiligen Aufsicht: In den Kantonen Bern und Solothurn sind kantonale Stellen, im Kanton Jura ist der Kirchenrat verantwortlich für die Aufsicht in Bezug auf «Äusserlichkeiten» wie die Organisation oder den Finanzhaushalt. Der Synodalrat der Reformierten Kirchen Bern-Jura-Solothurn übt dagegen die Aufsicht in kirchlichen Angelegenheiten aus. Bei Konflikten kann der Synodalrat bei der Suche nach geeigneten Lösungen helfen (Verordnung über die Beratung, Unterstützung und Aufsicht).