Auf nationaler Ebene sind die Reformierten Kirchen Bern-Jura-Solothurn Mitglied der Evangelisch-reformierten Kirche Schweiz (EKS) (früher:Schweizerischer Evangelischer Kirchenbund SEK) (Kirchenordnung Art. 17). Die EKS ist der Zusammenschluss der 24 reformierten Kantonalkirchen, der Evangelisch-methodistischen Kirche und der Eglise Evangélique Libre de Genève. Damit repräsentiert sie rund 2,4 Millionen Protestantinnen und Protestanten.

Hauptaufgaben:

Die EKS fördert die Zusammenarbeit unter den Mitgliedkirchen und pflegt gesamt-schweizerisch die ökumenischen Beziehungen zur Römisch-Katholischen Kirche der Schweiz und zur Christkatholischen Kirche der Schweiz, das Gespräch mit dem Judentum sowie den interreligiösen Dialog.

Sie leistet zugunsten der Mitgliedkirchen theologische und ethische Grundlagenarbeit zu Themen aus Kirche, Gesellschaft, Politik, Kultur, Wissenschaft und Wirtschaft und erarbeitet Stellungnahmen. Sie pflegt Beziehungen zu den Behörden der Schweizerischen Eidgenossenschaft und vertritt hierbei die Anliegen ihrer Mitgliedkirchen.

Sie verbindet sich und ihre Mitgliedkirchen mit der weltweiten Christenheit.